En 2018 la Diputación Foral de Gipuzkoa asumió la gestión del Archivo Histórico Provincial de Gipuzkoa. Como consecuencia de ello, en diciembre se unificaron el personal y los fondos del Archivo Histórico de Protocolos de Gipuzkoa y del Archivo Histórico Provincial de Gipuzkoa, trasladándose a este último los fondos notariales, el fondo de Contaduría de Hipotecas y el fondo del Universidad de Sancti Spiritus.
Mediante Decreto de 12 de noviembre de 1931 se creó la red de Archivos Histórico Provinciales, para recoger los protocolos notariales con más de cien años de antigüedad. Sin embargo, en el caso de Gipuzkoa no se creó el archivo y habrá que esperar a la próxima década.
Gracias a una orden ministerial de 10 de julio de 1942 se crea el Archivo Histórico de Protocolos de Gipuzkoa y la Diputación de Gipuzkoa asume la gestión de este archivo.
Hasta el momento, no se construye el Archivo Histórico Provincial de Gipuzkoa. Hasta entonces, el Estado había contado con varios archiveros técnicos que no contaron con edificios de archivo propios, y su centro de trabajo fue la Subdelegación del Gobierno. En 2005 se crea el Archivo Histórico Provincial para recoger la documentación generada hasta ese momento por la Administración Periférica del Estado.
Durante el periodo 2005-2011, El Archivo Histórico Provincial de Gipuzkoa fue gestionado por el Ministerio de Cultura. En 2011 La Administración General del Estado traspasó sus servicios y funciones a la Comunidad Autónoma del País Vasco ampliando sus competencias, entre ellas la gestión de los archivos de titularidad estatal, manteniendo el Estado la propiedad de los documentos y del edificio.
En junio de 2018 se concedió la segunda transferencia de la gestión del Archivo Histórico Provincial de Gipuzkoa, que desde entonces gestiona la Diputación Foral de Gipuzkoa.