Se trata de un órgano consultivo de composición participativa que viene funcionando desde el curso 1995/1996 y que aglutina a representantes de centros escolares, ayuntamientos, federaciones deportivas y del propio Departamento de Cultura, Juventud y Deporte.

En la actualidad se encuentra regulado por el Decreto Foral 39/1998 de 31 de marzo, sobre creación, composición y régimen de funcionamiento del Consejo Territorial de Deporte Escolar ) y por la Orden Foral de 17 de septiembre de 1998, por la que se aprueba la creación, composición y régimen de funcionamiento del Consejo Territorial de Deporte Escolar.