El acceso a los fondos europeos ofrece a la Dirección General de Obras Hidráulicas una excelente oportunidad de colaboración técnica y de financiación económica para llevar a cabo sus políticas de recuperación de los ecosistemas fluviales guipuzcoanos y ello en respuesta al objetivo marcado desde la Estrategia Europea sobre biodiversidad de proceder a la restauración de al menos 25 000 km de ríos de flujo libre entre los años 2020 y 2030.
En la actualidad, la Dirección General de Obras Hidráulicas participa de forma activa en los siguientes proyectos europeos:
- MERLIN: Proyecto incluido dentro del programa de Investigación e Innovación Horizonte 2020 de la Unión Europea y cuyo objetivo principal es restaurar el hábitat físico mediante la eliminación de presas y otros obstáculos que fragmentan el río Deba y aumentan el riesgo de inundaciones en la cuenca.
- KANTAURIBAI: Incluido dentro del programa LIFE Naturaleza de la Unión Europea y que tiene como objetivo en Gipuzkoa mejorar el estado de conservación de las especies y los hábitats vinculados a los ecosistemas fluviales en los lugares pertenecientes a la Red Natura 2000: Río Urumea y Alto Oria.
- PERCAU: Proyecto perteneciente al Programa del País Vasco FEDER 2021-2027, cuyo objetivo es restaurar la dinámica natural de los ríos guipuzcoanos, eliminando para ello todos obstáculos que impidan la libre circulación de la fauna piscícola y semiacuática existente en ellos.