Europako funtsak eskuratzeak aukera bikaina ematen dio Obra Hidraulikoen Zuzendaritza Nagusiari lankidetza teknikorako eta finantzaketa ekonomikorako, Gipuzkoako ibai-ekosistemak berreskuratzeko politikak gauzatzeko, eta hori guztia Biodibertsitateari buruzko Europako Estrategiak 2020tik 2030era bitartean fluxu libreko ibaien 25.000 km gutxienez lehengoratzeko ezarritako helburuari erantzunez.
Gaur egun, Obra Hidraulikoen Zuzendaritza Nagusiak aktiboki parte hartzen du Europako proiektu hauetan:
- MERLIN: Europar Batasunaren 2020rako Horizontea Ikerketa eta Berrikuntza programaren barruan sartutako proiektua da, eta bere helburu nagusia habitat fisikoa lehengoratzea da, presak eta Deba ibaia zatikatzen duten eta arroan uholdeak izateko arriskua handitzen duten beste oztopo batzuk kenduz.
- KANTAURIBAI: Europar Batasuneko LIFE Natura programaren barruan dago, eta Gipuzkoan ibai-ekosistemei lotutako espezieen eta habitaten kontserbazio-egoera hobetzea du helburu, Natura 2000 Sareko lekuetan: Urumea ibaia eta Oria Garaia.
- PERCAU: 2021-2027 EGEF Euskadiko Programaren barruko proiektua, Gipuzkoako ibaien dinamika naturala lehengoratzea helburu duena, eta, horretarako, bertan dagoen arrain-faunaren eta erdi-uretako faunaren zirkulazio askea eragozten duten oztopo guztiak ezabatzen dituena.